牛视紫红质蛋白质中视黄醛的活性位点

Acta Physico-chimica Sinica ›› 2009 , (07) : 1290-1296.

牛视紫红质蛋白质中视黄醛的活性位点

作者：

Affiliation(s)：

1 云南大学化学科学与工程技术学院生命起源研究室,自然资源药物化学教育部重点实验室↑中国科学院化学研究所,北京分子科学国家实验室,分子动态与稳态结构国家重点实验室
2 云南大学化学科学与工程技术学院生命起源研究室,自然资源药物化学教育部重点实验室
3 中国科学院化学研究所,北京分子科学国家实验室,分子动态与稳态结构国家重点实验室

Classification number：

R77

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GB/T 7714

徐四川,邓圣荣,马丽英,史强,葛茂发,张兴康等.牛视紫红质蛋白质中视黄醛的活性位点[J].,2009(07):1290-1296.

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Abstract

视紫红质蛋白是一个跨膜蛋白,视黄醛（RET）在该蛋白中的活性结合位点涉及到视觉过程机理,与一些眼科疾病病理有关.基于牛视紫红质蛋白1U19的蛋白质晶体结构数据,采用密度泛函理论的B3LYP方法计算RET-Lys296残基与视黄醛分子周围半径为0.6nm的空间范围30个氨基酸残基相互作用和结合能.数值显示1U19蛋白中的残基Glu113、Glu181和Glu122是质子化的RET-Lys296残基的活性结合位点,结合能分别为-333.38、-205.67和-194.56kJ·mol-1.这些氨基酸残基带有一个负电荷,与质子化的RET-Lys296残基发生强烈的离子静电相互作用.另外几个残基Ala292、Cys187、Phe293、Pro291以及Trp265等与质子化RET-Lys296残基也有相互吸引作用.当RET-Lys296残基非质子化,上述相互作用消失,促使视黄醛分子与视蛋白分离.研究发现残基Glu113和Glu181周围各自有一个结晶水分子通过双氢键形式起着稳定作用.

Keywords

视紫红质; 视黄醛; 1U19; 活性位点; 密度泛函理论

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